肛周湿疹没有绝对最好的药膏，需根据病情选择。一般常用的有糖皮质激素类药膏、钙调磷酸酶抑制剂等。
糖皮质激素类药膏
弱效糖皮质激素药膏： 像氢化可的松乳膏，适合皮肤薄嫩部位的肛周湿疹，比如婴幼儿肛周湿疹可短期使用，它能减轻炎症、缓解瘙痒，副作用相对较小。中效糖皮质激素药膏： 如糠酸莫米松乳膏，抗炎效果比弱效的强一些，可用于皮疹较明显、瘙痒较严重但非特殊部位的肛周湿疹，但连续使用一般不超过2 - 4周。
钙调磷酸酶抑制剂
他克莫司软膏： 分为0.03%和0.1%两种浓度，0.03%适合儿童及面部等皮肤薄嫩部位，能抑制T细胞活化，起到抗炎止痒作用，不过初始使用时可能有短暂的灼热感，一般能逐渐适应。吡美莫司乳膏： 主要用于2岁以上儿童及成人的轻度至中度肛周湿疹，同样通过调节免疫反应来改善症状，不含有糖皮质激素，长期使用安全性相对较好。
其他外用药物
氧化锌软膏： 有收敛、保护皮肤的作用，可用于肛周湿疹急性期渗出不多的情况，能缓解瘙痒和保护受损皮肤，对皮肤刺激性小，儿童也可使用。硼酸溶液： 属于收敛剂，常用于肛周湿疹急性渗出期，用纱布浸湿后湿敷，每次15 - 20分钟，每天可敷2 - 3次，能减少渗出。但湿敷时要注意方法，避免感染等情况发生。