甲沟炎可以使用的药物有多种，一般轻度甲沟炎可以先用碘伏等消毒剂进行处理。对于有炎症表现的甲沟炎，常用的药物有莫匹罗星软膏等。
常用的外用药物类型
消毒剂类：
碘伏： 它是一种常见的消毒剂，能够杀灭多种细菌、真菌等病原体。使用时用棉球蘸取适量碘伏，轻轻涂抹在甲沟炎患处，每天可涂抹2 - 3次。它可以起到清洁创面、预防感染进一步加重的作用。过氧化氢溶液（双氧水）： 当甲沟炎局部有较明显的脓性分泌物时，可以用双氧水清洗。它能释放出氧气，有杀菌、清创的作用，但使用后通常需要再用生理盐水冲洗，然后再涂抹其他药物。
抗生素类软膏：
莫匹罗星软膏： 这是一种局部外用的抗生素，对革兰阳性球菌有很强的抗菌活性。如果甲沟炎是由细菌感染引起的，出现红肿、疼痛等炎症表现时，可以涂抹莫匹罗星软膏。将药膏薄薄地涂在患处及其周围皮肤，一天涂抹2 - 3次。它可以抑制细菌的生长繁殖，帮助减轻炎症。夫西地酸乳膏： 也是用于治疗细菌感染性皮肤疾病的外用抗生素。对于甲沟炎伴有感染的情况，涂抹夫西地酸乳膏能发挥抗菌作用，缓解炎症症状。一般一天使用2 - 3次，涂抹在患处。
特殊情况的药物选择
如果甲沟炎比较严重，出现明显的红肿热痛加剧，甚至有发热等全身症状时，可能需要口服抗生素，但口服抗生素的选择需要医生根据病情来判断，比如可能会用到头孢类抗生素等，但这不是自行用药能解决的，需要就医由医生指导。另外，对于儿童患有甲沟炎时，选择药物更要谨慎，尽量选择刺激性小、相对安全的药物，如儿童专用的碘伏稀释液等进行消毒处理，避免使用刺激性强的药物刺激儿童娇嫩的皮肤。
药物使用的注意事项
在使用上述药物时，首先要注意保持甲沟炎患处的清洁干燥。如果是使用软膏类药物，在涂抹前要先将患处清洁干净。另外，要注意观察用药后的反应，如果涂抹药物后局部红肿等炎症表现没有缓解反而加重，或者出现瘙痒、皮疹等过敏反应，应立即停止用药，并及时就医。同时，对于甲沟炎，除了用药外，还需要注意避免穿过紧的鞋子，减少对脚趾的挤压，这对于甲沟炎的恢复也很重要。