肝囊肿通常是良性病变，大多数肝囊肿没有明显危害，但部分较大或特殊类型的肝囊肿可能有以下影响。一般来说，小的肝囊肿对人体健康影响较小，约90%以上的肝囊肿生长缓慢，多年甚至几十年都无明显变化。
压迫周围组织器官
囊肿较大时： 当肝囊肿体积较大，比如直径超过5厘米甚至更大时，可能会压迫周围的组织和器官。若压迫到胃肠道，可能引起消化不良、腹胀、腹痛等症状，表现为进食后饱腹感明显、腹部隐痛等。特殊位置囊肿： 若肝囊肿长在肝门附近，可能压迫胆管，导致胆汁排泄受阻，进而引起黄疸，出现皮肤、巩膜发黄，尿液颜色加深等表现。
引发感染或破裂
容易感染： 少数肝囊肿可能发生感染，尤其是寄生性肝囊肿（如肝包虫囊肿），容易继发细菌感染。此时患者会出现发热、寒战、肝区疼痛加剧等症状，体温可能升高至38℃以上。可能破裂： 巨大的肝囊肿受到外力撞击等情况时，有破裂的风险。破裂后可能引起急性腹膜炎，出现剧烈腹痛、腹肌紧张、恶心、呕吐等症状，严重时可导致休克。
影响肝脏功能
少数情况影响： 虽然大多数肝囊肿不影响肝脏功能，但个别特殊类型的肝囊肿或囊肿数目较多且体积较大时，可能会对肝脏的正常结构和功能产生一定影响。例如多囊肝患者，可能伴有肝脏体积增大，正常肝组织被囊肿占据，长期可能影响肝脏的代谢、合成等功能，但这种情况相对较少见。