阴茎短小目前主要的处理方式有观察等待、手术治疗等。对于大多数男性来说，成年后阴茎勃起长度大于8厘米一般属于正常范围，如果明显短于这个长度且有相关困扰，可考虑进一步评估。
观察等待情况
一般来说，儿童和青少年在青春发育期前，阴茎短小可能是正常的生理现象，因为身体还在发育过程中。通常男性12 - 18岁是青春发育期，部分男孩可能在青春发育期开始后阴茎会逐渐发育增长，所以对于18岁以下的男性，如果阴茎外观上只是相对短小，但勃起功能正常，没有其他异常表现，可以先观察等待，看青春发育期是否能正常发育。
手术治疗方面
阴茎延长术
阴茎延长术是通过切断阴茎悬韧带等方式来延长阴茎。但这种手术有一定的适应人群和风险。它主要适用于阴茎发育不良，勃起长度不足10厘米，且对性生活质量有明显影响的成年男性。不过手术存在一定的失败风险，并且术后可能会有阴茎感觉改变等情况。
假体植入术
对于一些因阴茎短小导致严重心理负担且其他治疗无效的患者，可以考虑假体植入术。这种手术是将人工阴茎假体植入阴茎海绵体内，以达到改善阴茎外观和性生活功能的目的。但假体植入术也有相应的禁忌证，比如存在严重心理疾病、凝血功能障碍等情况的患者不适合该手术。
非手术的辅助方式
健康生活方式
保持健康的生活方式对身体发育和阴茎健康有一定帮助。比如要保证充足的睡眠，青少年每天应保证8 - 10小时的睡眠时间，因为生长激素在睡眠中分泌旺盛，有助于身体正常发育。同时要均衡饮食，摄入富含蛋白质、维生素和矿物质的食物，像肉类、蛋类、新鲜蔬菜水果等，为身体发育提供营养物质。
心理调节
阴茎短小可能会给患者带来心理压力，导致自卑等心理问题。这时需要进行心理调节，患者可以通过与家人朋友沟通、参加社交活动等方式来缓解心理压力。如果心理问题较为严重，也可以寻求专业心理咨询师的帮助，进行心理疏导。