早期复极综合征的原因目前尚未完全明确，可能与遗传因素、自主神经功能失调等有关。有研究发现，早期复极综合征具有一定的家族遗传性，部分患者存在相关基因的变异。
遗传因素方面
基因层面关联： 目前研究提示，某些特定的基因变异可能与早期复极综合征的发生存在联系。例如，一些离子通道相关基因的突变，可能会影响心肌细胞的电生理特性，从而增加早期复极综合征的发病风险。不过，具体是哪些基因以及如何通过基因影响心肌电活动，还需要进一步深入研究来明确。家族聚集现象： 在临床中可以观察到，早期复极综合征有一定的家族聚集性。如果家族中有亲属患有早期复极综合征，那么其他家族成员患病的概率可能会相对增高。但这并不是绝对的，只是存在一定的遗传易感性。
自主神经功能失调方面
交感与副交感失衡： 自主神经包括交感神经和副交感神经，当自主神经功能失调时，交感神经和副交感神经的平衡被打破。比如，交感神经兴奋性增高或者副交感神经张力相对减低，可能会影响心肌细胞的电活动。当这种失衡影响到心室肌的复极过程时，就可能导致早期复极综合征的出现。情绪与环境影响： 长期处于精神紧张、焦虑、压力大的状态下，或者受到寒冷刺激等环境因素影响时，容易出现自主神经功能失调，进而可能诱发早期复极综合征相关的心电图改变等表现。例如，一些人在考试前或者面临重大生活事件时，可能会出现早期复极综合征相关的心电图变化，但经过休息、调整情绪后，部分情况可能会有所改善。
心肌细胞电生理特性改变方面
离子通道功能异常： 心肌细胞的电活动是由多种离子通道参与调控的。当心肌细胞的离子通道功能出现异常时，会影响心肌细胞的除极和复极过程。例如，钾离子通道或者钠离子通道的功能改变，可能导致心肌细胞复极时间等发生变化，从而出现早期复极的心电图特征。这种离子通道功能的异常可能是先天性的，也可能是后天一些因素诱发的，但具体机制还需进一步探究。心肌代谢因素： 心肌的代谢状态也可能对心肌细胞的电生理特性产生影响。如果心肌细胞的代谢出现紊乱，可能会间接影响离子通道的功能以及心肌细胞的复极过程，进而与早期复极综合征的发生相关。不过，目前关于心肌代谢因素在早期复极综合征发病中的具体作用还需要更多的研究来证实。