宝宝发烧39度时是否盖被子要视具体情况而定。当宝宝发烧39度且手足凉时需盖被子，若大量出汗则不必盖被子。
一、宝宝发烧39度且手脚发冷要盖被子，这是因为此时体温处于上升阶段，宝宝会感觉寒冷，所以要适当保暖。
二、若宝宝在退热过程中有大量出汗症状，就应适当减少被褥遮盖。注意不能给宝宝盖太厚的被子，以免影响其排汗。出汗后要及时用毛巾擦拭，并更换宝宝的湿衣服，同时要保持室内温度和湿度适宜，温度不可过低。
宝宝发烧39度应在医生指导下及时治疗，可服用布洛芬颗粒、对乙酰氨基酚颗粒等退烧药。在治疗过程中，要让宝宝多喝水，饮食保持清淡。如果出汗严重导致衣服或被褥潮湿，要及时更换，以防继发感冒使病情加重。
总之，宝宝发烧39度时盖被子问题要具体情况具体分析，同时要做好相关护理和治疗措施。