牙齿没拔干净的后果取决于残留牙根的大小。若残留牙根小于3毫米，通常无需特殊处理，伤口可正常愈合；但若残留牙根较大、较多，则可能引发一些问题。
一、疼痛：残留牙根可能导致拔牙创面难以愈合，进而使局部疼痛加剧。这时可在医生指导下使用止痛药物来缓解，比如布洛芬缓释胶囊、塞来昔布胶囊等。
二、感染：食物残渣残留刺激牙根可能引发感染，常见炎性肉芽组织增生以及脓性分泌物出现。此时需要在局麻下进行彻底冲洗，去除炎性肉芽组织和脓性分泌物，促使牙槽窝重新形成血凝块从而实现愈合。
此外，牙齿没拔干净还可能对种植牙手术产生影响，不过这种情况相对较少见。
总之，牙齿没拔干净的后果因残留牙根大小而异，可能出现疼痛、感染等情况，也可能对种植牙手术有一定影响，需要根据具体情况进行相应处理。