卵巢囊肿的治疗需根据囊肿的性质、大小、患者年龄等因素综合判断。一般来说，直径小于5厘米且无症状的生理性囊肿，有一定概率自行消失，可定期（通常3~6个月）复查超声观察变化。
生理性囊肿的观察处理
小囊肿可随访： 对于直径在3~5厘米左右的生理性卵巢囊肿，如黄体囊肿等，很多情况下会在月经周期变化中自然消退，这时候主要就是定期通过超声检查来监测，一般每3个月做一次超声，观察囊肿大小有无变化。大些囊肿也别慌： 如果囊肿直径超过5厘米，但没有引起明显不适症状，也可以先观察一段时间，不过观察期间要留意自身有无腹痛等异常情况，如果有异常要及时就医。
病理性囊肿的手术治疗
囊肿较大需手术： 当卵巢囊肿直径大于5厘米，且持续存在，考虑为病理性囊肿时，多需要手术治疗。手术方式有多种，比如卵巢囊肿剥除术，适用于希望保留生育功能的患者；还有患侧卵巢切除术，适用于年龄较大或无生育要求的患者。手术时机要把握： 一般发现囊肿符合手术指征后，建议尽早安排手术，避免囊肿发生扭转、破裂等紧急情况。
药物辅助治疗情况
辅助治疗有情况： 如果是子宫内膜异位囊肿这类特殊的病理性囊肿，可能会辅助使用药物治疗。比如GnRH-a类药物，这类药物可以抑制卵巢功能，减少雌激素分泌，使异位的内膜组织萎缩，不过药物治疗一般是作为手术前后的辅助手段，或者用于不能耐受手术的患者，但药物治疗有一定的副作用，像可能会引起骨质疏松等问题，用药期间需要监测骨密度等指标。