龟头炎的治疗药物需根据不同病因选择，一般细菌感染引起的龟头炎可选用莫匹罗星软膏等，通常用药后数天内症状会有改善。
细菌感染性龟头炎用药
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对部分阴性菌也有一定作用。它能阻碍细菌体内蛋白质的合成，从而起杀菌作用。一般局部外用，涂抹在患处，使用后要注意保持局部清洁干燥。红霉素软膏： 属于大环内酯类抗生素，对大多数革兰阳性菌、部分革兰阴性菌及一些非典型致病菌如衣原体、支原体均有抗菌活性。可用于龟头炎的治疗，局部涂抹，使用时避免接触眼睛及其他黏膜部位。
真菌感染性龟头炎用药
克霉唑乳膏： 主要用于治疗由真菌尤其是白色念珠菌所致的感染。它可抑制真菌细胞膜的合成，以及影响其代谢过程。外用时取适量均匀涂抹于患处，用药部位如有烧灼感、红肿等情况应停药，并将局部药物洗净。咪康唑乳膏： 对念珠菌属具有抗菌作用，对某些革兰阳性球菌也有一定疗效。通过干扰细胞色素P450的活性，从而影响真菌细胞膜的合成，发挥抗真菌作用。外用，涂搽于洗净的患处，早晚各1次。
滴虫感染性龟头炎用药
甲硝唑凝胶： 用于炎症性丘疹、脓疱疮、酒渣鼻红斑的局部治疗。对滴虫有杀灭作用，可通过干扰滴虫的氧化还原代谢，使原虫氮链发生断裂。局部外用，清洗患处后，取适量凝胶涂于患处，每日早晚各1次。
非感染性龟头炎用药
糖皮质激素类药膏： 如氢化可的松软膏等，对于因过敏等非感染因素引起的龟头炎有一定疗效。能减轻炎症反应，缓解红肿、瘙痒等症状。但这类药物不能长期大面积使用，以免引起不良反应，如皮肤萎缩、毛细血管扩张等。使用时要遵循医生的建议，根据病情调整用药。