跑步时腹部左右两边疼的原因可能有以下几点：
1.岔气：在跑步过程中，呼吸不规律或吸入过多冷空气可能导致横膈膜痉挛，引起腹部两侧疼痛。此时，应放慢速度，调整呼吸，用手按压疼痛部位，通常几分钟后疼痛即可缓解。
2.腹部肌肉拉伤：如果跑步前没有充分热身，或跑步姿势不正确，可能导致腹部肌肉拉伤，出现疼痛。此时，应停止跑步，休息并进行适当的按摩，可缓解疼痛。如疼痛持续不缓解或加重，建议就医。
3.腹部疾病：如慢性阑尾炎、尿路结石等，也可能在跑步时诱发疼痛。此外，女性患者还需考虑盆腔炎、附件炎等妇科疾病。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如发热、恶心、呕吐等，建议及时就医，进行相关检查，以明确诊断。
4.其他：女性在生理期时，也可能出现跑步时腹部两侧疼痛的情况。
总之，跑步时腹部左右两边疼的原因较为复杂，如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，建议及时就医，进行相关检查，以明确诊断。同时，在跑步前应做好充分的热身运动，避免过度劳累，保持正确的跑步姿势，以减少疼痛的发生。