儿童尿路感染通常选用抗菌药物治疗较有效，一般常用的有头孢菌素类等药物。比如对于大肠杆菌引起的儿童尿路感染，第三代头孢菌素如头孢克肟可能是常用选择之一。
常用抗菌药物种类
头孢菌素类药物： 这类药物对多种细菌有较好的抗菌作用，像头孢克洛，它对常见引起儿童尿路感染的病原菌有一定的抑制效果。头孢呋辛也是常用的，能有效覆盖导致儿童尿路感染的常见病菌。青霉素类药物： 阿莫西林属于青霉素类，对革兰阳性菌和部分革兰阴性菌有抗菌活性，可用于儿童敏感菌引起的尿路感染。不过要注意青霉素过敏的情况，如果儿童有青霉素过敏史则不能使用。
用药时的注意事项
年龄限制： 不同年龄段儿童用药有差异，6岁以下儿童使用某些抗菌药物时需格外谨慎，要根据儿童的体重等情况来调整剂量，因为儿童的肝肾功能还未发育完全，药物代谢能力与成人不同。遵医嘱用药： 一定要严格按照医生的嘱咐用药，不能自行增减药量。即使儿童症状有所缓解，也不能擅自停药，否则容易导致感染复发或者转为慢性尿路感染。比如医生开了5天的药量，就必须服满5天，不能看到孩子不发烧了、小便也不疼了就停药。
非药物辅助措施
增加饮水量： 要让儿童多喝温开水，每天的饮水量最好能达到500~1000毫升以上，通过增加排尿量来冲洗尿道，帮助减轻尿路感染的症状，促进病菌排出体外。注意个人卫生： 要保持儿童会阴部的清洁卫生，勤换内裤，大便后要从前往后擦拭，避免粪便污染尿道引发感染。特别是女宝宝，更要注意会阴部的清洁护理。