灰指甲常用治疗药物有外用和口服之分，常见的外用抗真菌药如阿莫罗芬搽剂，一般每周使用1-2次，连续使用数月才能见效。而口服抗真菌药中，伊曲康唑是比较常用的，它采用冲击疗法，通常每月服药一周左右。
外用抗真菌药代表
阿莫罗芬搽剂： 主要成分是阿莫罗芬，能抑制真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用。它使用相对方便，每周使用1-2次即可，但一般需要连续使用数月才能看到较好效果，对轻度灰指甲可能有一定疗效。环吡酮胺乳膏： 通过改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌代谢过程来发挥作用。可直接涂抹在病甲处，使用时要清洁患处后薄涂，但对于较严重的灰指甲，单独使用效果可能有限。
口服抗真菌药代表
伊曲康唑： 属于三唑类抗真菌药物，它能干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌固醇的合成。采用冲击疗法，即每月服药一周，一般手指甲灰指甲需要2-3个疗程，脚趾甲灰指甲可能需要3-4个疗程。不过使用前需要评估肝功能等情况，肝功能异常者慎用。特比萘芬： 是丙烯胺类抗真菌药，能特异性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的形成。口服吸收较好，一般手指甲灰指甲服用12周左右，脚趾甲灰指甲服用16周左右，但同样需要关注肝功能等指标，孕妇及哺乳期妇女慎用。
辅助治疗相关
手术拔甲： 对于单发的灰指甲，过去曾采用手术拔甲的方法，但现在较少使用。因为手术创伤较大，术后恢复时间长，而且容易复发，现在更多是采用药物治疗为主。保持足部干燥清洁： 灰指甲患者要注意保持足部的干燥清洁，因为真菌喜欢在潮湿的环境中生长繁殖。每天更换袜子，选择透气性好的鞋子，避免脚部长期处于潮湿状态，这样有助于辅助药物治疗，防止灰指甲复发或加重。