皮下囊肿形成的原因较多，其中先天性因素是常见原因之一，比如皮样囊肿，多是由于胚胎发育时期，表皮细胞残留所导致。还有一种是炎症性因素，像皮肤受到外伤、感染等情况后，局部组织修复过程中可能会形成囊肿，这种因炎症引起的皮下囊肿在临床上也较为多见。另外，遗传因素也可能起到一定作用，如果家族中有相关遗传倾向，个体患皮下囊肿的概率可能会相对高一些。
毛囊皮脂腺导管堵塞相关
皮肤毛囊皮脂腺导管堵塞： 当皮肤的毛囊皮脂腺导管发生堵塞时，皮脂等物质无法正常排出，就会在局部逐渐积聚，从而形成囊肿。比如常见的表皮样囊肿，多与毛囊结构异常导致导管堵塞有关。一般这种情况没有明显的年龄限制，但青春期皮脂腺分泌旺盛时，相对更容易出现导管堵塞的情况，进而增加皮下囊肿形成的几率。
外伤导致的皮下囊肿
外伤后异物植入： 皮肤受到外伤，比如刺伤、擦伤等，一些外来的异物可能会进入皮下组织。人体的免疫系统会对这些异物进行反应，在异物周围逐渐形成包裹，时间久了就可能形成囊肿。例如被木刺等异物扎入皮肤后，没有及时清理干净，就有可能引发皮下囊肿。而且不同深度的外伤，引发皮下囊肿的可能性也有所不同，较深的外伤相对更易导致异物植入并形成囊肿。
遗传相关的皮下囊肿
某些遗传性综合征相关： 有一些遗传性综合征会增加皮下囊肿的发生风险。比如 Gardner 综合征，患者除了会有肠道息肉等表现外，也常常会伴有皮下囊肿等皮肤表现。这类遗传性疾病是由于基因缺陷等遗传因素导致，具有一定的家族聚集性。如果家族中有成员患有此类遗传性综合征，其他家族成员就需要更加留意皮肤状况，一旦发现异常应及时就医检查。