阴茎病毒疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，其中低危型HPV如6型、11型等是主要致病因素。大约有70% - 80%的阴茎病毒疣与HPV6型感染相关。
传播途径方面
性传播：这是最主要的传播途径。在性生活中，皮肤或黏膜直接接触到被HPV污染的部位，就有可能被感染。比如与已经感染HPV且患有阴茎病毒疣的人发生无保护措施的性行为，就极大增加了感染风险。间接接触传播：虽然相对少见，但也存在可能。比如接触了被HPV污染的毛巾、浴盆等物品，如果皮肤有细微破损，也有感染的可能性，但这种情况发生的概率较低。
自身因素影响
免疫力低下：当人体免疫力较弱时，比如患有艾滋病、长期使用免疫抑制剂等情况，身体对HPV的清除能力下降，就更容易感染并患上阴茎病毒疣。例如，艾滋病患者由于免疫系统受到严重破坏，感染HPV后发生阴茎病毒疣的几率比正常人高很多。局部皮肤黏膜损伤：如果阴茎部位的皮肤或黏膜有破损，那么HPV就更容易侵入细胞并引发感染。像性生活过程中造成的细微破损，或者局部有外伤等情况，都可能为HPV感染创造条件。
人群易感性情况
有多个性伴侣者：这类人群感染HPV的风险明显升高，因为性伴侣越多，接触到不同HPV毒株的机会就越大，从而患上阴茎病毒疣的可能性也就增加。性生活开始年龄较早者：青春期前后的人群，生殖系统发育还不完善，免疫系统相对也不够成熟，此时感染HPV并发展为阴茎病毒疣的风险较高。