目前并没有特异性治疗HPV病毒的药物。不过，人体自身的免疫系统有清除HPV病毒的能力，大部分HPV感染是暂时的，约90%的HPV感染在2年内可自然清除。
干扰素类药物
重组人干扰素α-2b凝胶：它可以通过干扰病毒核酸合成，发挥抗病毒和调节免疫的作用，可用于治疗部分HPV感染引起的病变，但一般需要持续使用一段时间，比如可能需要连续使用几周甚至几个月，且效果因个体差异不同。
中药相关
一些具有扶正祛邪作用的中药：比如部分清热解毒、扶正固本的中药方剂或中成药，可能在调节机体免疫方面有一定辅助作用，帮助机体更好地对抗HPV病毒，但目前没有哪种中药能直接针对HPV病毒起到像西药那样明确的杀灭作用，而且中药的使用需要根据个体的辨证论治来配伍用药，不同人的用药方案不同。
疫苗预防的重要性
预防性HPV疫苗：目前有二价、四价、九价HPV疫苗等。二价疫苗主要针对HPV16和18型，能预防约70%的宫颈癌；四价疫苗除了针对16和18型，还针对6和11型，可预防约70%宫颈癌和90%尖锐湿疣；九价疫苗针对的型别更多，能预防更多相关疾病。接种疫苗是预防HPV感染的重要手段，虽然不能治疗已感染的HPV，但能从源头降低感染某些高危型HPV的风险。
增强免疫力是关键
生活方式调整助力免疫清除：保持健康的生活方式对于机体清除HPV病毒很重要。比如要保证充足的睡眠，成年人一般建议每天睡眠7~8小时左右，良好的睡眠有助于身体的自我修复和免疫系统功能的维持；还要均衡饮食，多摄入富含维生素、蛋白质等营养物质的食物，像新鲜的蔬菜（如西兰花、胡萝卜等）、水果（如苹果、橙子等）、优质蛋白质食物（如鸡蛋、牛奶、鱼肉等）；同时要适度运动，每周进行至少150分钟的中等强度有氧运动，如快走、慢跑等，运动能增强体质，提高免疫力，帮助机体更好地应对HPV感染。