甲状腺炎的治疗需根据不同类型来选择，比如自身免疫性甲状腺炎，若甲状腺功能正常，一般不需要特殊治疗，定期复查甲状腺功能和甲状腺超声即可，大约每6-12个月复查一次。而对于亚急性甲状腺炎，疼痛明显时可使用非甾体抗炎药，如阿司匹林，一般初始剂量可根据疼痛程度调整，但要注意可能引起胃肠道不适等副作用。
亚急性甲状腺炎的治疗
疼痛较轻时： 可以选用布洛芬等非甾体抗炎药来缓解疼痛和炎症，这类药物能减轻甲状腺局部的疼痛症状。疼痛较重时： 非甾体抗炎药效果不佳的话，可能会用到糖皮质激素，如泼尼松，它能快速减轻炎症反应，但使用时要注意监测血糖等指标，一般用药时间不宜过长。
自身免疫性甲状腺炎的治疗
甲状腺功能减退时： 若出现甲状腺功能减退，需要补充左甲状腺素钠片来替代治疗，使甲状腺激素水平维持在正常范围，一般需要长期服用，且要定期复查甲状腺功能调整药物剂量。甲状腺功能亢进时： 少数自身免疫性甲状腺炎患者会出现短暂的甲亢，症状较轻时可不用抗甲状腺药物，症状明显时可短时间使用小剂量抗甲状腺药物，如甲巯咪唑，但要密切监测甲状腺功能变化。
化脓性甲状腺炎的治疗
抗感染治疗： 主要是使用抗生素来控制感染，需要根据细菌培养和药敏试验结果选择敏感的抗生素，一般需要使用足够疗程的抗生素，可能需要用药2-4周甚至更长时间。脓肿形成时： 如果有脓肿形成，可能需要进行穿刺引流或切开引流，以排出脓液，促进炎症消退。