纵隔子宫怀孕三个月流褐色分泌物可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕三个月时，胎儿发育尚不稳定，容易受到外界因素影响而发生先兆流产。此时，子宫收缩，胚胎与子宫壁发生剥离，会导致少量出血，血液在子宫内停留时间较长，排出时就会呈现褐色。除了流褐色分泌物，还可能伴有下腹部疼痛、腰痛等症状。
2.宫颈病变：纵隔子宫患者的宫颈可能存在发育异常或病变，如宫颈息肉、宫颈炎等。这些病变也可能导致阴道出血，表现为褐色分泌物。
3.其他：孕妇体内孕激素水平不足、胚胎发育异常、孕妇患有全身性疾病等，也可能导致纵隔子宫怀孕三个月时流褐色分泌物。
需要注意的是，纵隔子宫怀孕三个月流褐色分泌物可能会对孕妇和胎儿产生一定的影响，如导致流产、感染等。因此，建议及时就医，进行相关检查，如B超、孕酮和人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。
在就医治疗的同时，孕妇需要注意休息，避免过度劳累和剧烈运动，保持良好的心态，避免紧张和焦虑。同时，要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免性生活和盆浴。如果出现阴道出血量增多、腹痛加剧等异常情况，应立即就医。