流脑A疫苗的不良反应分为局部反应、全身反应和罕见严重反应等情况。一般来说，多数人接种后不良反应较轻微。
局部反应情况
注射部位红肿：接种流脑A疫苗后，部分人会出现注射部位红肿，通常红肿范围比较小，直径多在2 - 5厘米左右，一般1 - 2天会自行消退。注射部位疼痛：接种时或接种后不久，注射部位会有疼痛感，多数人能耐受，1 - 3天内会逐渐减轻消失。
全身反应情况
发热：接种后可能出现发热症状，多数为低热，体温在37.5 - 38.5℃之间，一般持续1 - 2天可自行缓解。少数人可能出现中度发热，体温在38.5 - 39℃，这种情况也多在1 - 2天内恢复正常。乏力：部分接种者会感觉全身乏力，一般休息1 - 2天就能恢复，不影响正常生活和活动。
罕见严重反应情况
过敏反应：极个别接种者可能出现过敏反应，如皮疹、瘙痒、呼吸困难等。一旦出现过敏反应需立即就医，进行相应的抗过敏治疗。惊厥：非常罕见的情况下，接种流脑A疫苗后可能引发惊厥，多发生在有惊厥病史或过敏体质的儿童身上，出现惊厥时要及时采取止惊等急救措施。