骨髓增生异常综合征的治疗需综合多方面因素，一般来说可通过支持治疗、药物治疗以及造血干细胞移植等方式来处理。支持治疗中，对于贫血较严重的患者，可能需要定期输注红细胞，约每1 - 2周可能需要输注一次；对于有感染风险的患者，要注意预防感染，保持良好的个人卫生习惯等。
支持治疗方面
输血治疗： 如果患者出现严重贫血，血红蛋白低于60g/L且伴有明显症状，如乏力、头晕等，就需要进行红细胞输注。通常根据患者的贫血程度来决定输血的频率，一般每周可能需要输注1 - 2次，直到症状缓解。血小板输注： 当血小板低于20×10^9/L且有出血倾向，比如皮肤瘀斑、鼻出血、牙龈出血等情况时，需要输注血小板。出血风险较高时，可能需要每天或隔天输注血小板。
药物治疗方面
去甲基化药物： 例如地西他滨，它可以通过改变基因的甲基化状态来发挥治疗作用。一般是按疗程使用，每个疗程可能需要连续用药5天左右，间隔一定时间后再进行下一个疗程。免疫调节剂： 像来那度胺，对于伴有染色体5q缺失的骨髓增生异常综合征患者有一定疗效。一般需要长期服用，但具体的用药时间要根据患者的治疗反应和耐受性来调整。
造血干细胞移植方面
匹配供者移植： 对于年龄小于60岁、一般状况较好的患者，如果有合适的人类白细胞抗原（HLA）匹配的供者，如同胞兄弟姐妹等，造血干细胞移植是有望治愈骨髓增生异常综合征的方法。移植成功的概率与供者匹配程度、患者的身体状况等有关，一般来说，5年生存率可能在50% - 70%左右。不过移植也存在一定风险，如感染、移植物抗宿主病等并发症。自体造血干细胞移植： 对于不适合异基因造血干细胞移植的患者，自体造血干细胞移植也可以考虑。但自体移植复发率相对较高，大约有30% - 50%的复发率。