新生儿拉肚子可在医师指导下通过多种方式治疗，包括控制感染、采用饮食疗法、进行液体疗法等。
一、控制感染：
1.若是细菌感染，对于鼠伤寒沙门氏菌可在医师指导下口服羟氨苄青霉素来治疗，重症病例可口服第三代头孢菌素；空肠弯曲菌感染可用大环内酯类药物，而金黄色葡萄球菌肠炎可使用新花青素II和万古霉素。
2.如果是抗生素引发的二重真菌感染，就应停止使用抗生素来治疗真菌性肠炎，同时口服制霉菌素。
二、饮食疗法：
1.可继续母乳喂养，对于严重腹泻、呕吐的患者，可以禁食4至6小时，但不能禁水。
2.如果禁食时间小于等于6小时，之后应尽快恢复饮食。
三、液体疗法：
1.从腹泻开始，就应口服足够液体以预防脱水，母乳喂养的婴儿应继续母乳喂养，并增加喂养频率、延长单次喂养时间，混合喂养的婴儿应在母乳喂养基础上给予口服补液盐或其他清洁饮用水。
当然，如果是母乳喂养导致的生理性腹泻，通常无需特别处理。总之，当新生儿拉肚子时，应在医师指导下进行对症治疗。