咽部乳头状瘤目前尚无确切的一级预防措施，但可以通过一些措施降低其发生风险。目前并没有特定的数据表明通过某一种固定方式能完全预防，但可以从以下几方面入手。
口腔卫生方面
保持口腔清洁： 每天至少刷牙2次，每次刷牙时间不少于3分钟，选择软毛牙刷，能有效清除口腔内的食物残渣和细菌，减少口腔炎症等可能诱发咽部乳头状瘤相关因素的产生。比如使用巴氏刷牙法，能更彻底清洁牙齿。定期洗牙： 建议每年至少洗牙1 - 2次，洗牙可以清除牙齿表面的牙结石、菌斑等，维护口腔健康。牙结石长期堆积可能会刺激咽部组织，定期洗牙能降低这种刺激风险。
生活习惯方面
避免不良嗜好： 吸烟的人要尽量戒烟，因为烟草中的有害物质会刺激咽部黏膜，长期刺激可能增加咽部乳头状瘤的发生几率。有研究表明，吸烟者患咽部乳头状瘤的风险比不吸烟者高。同时要减少饮酒量，过量饮酒也会对咽部黏膜产生不良刺激。增强免疫力： 保持规律的作息时间，每天保证7 - 8小时的充足睡眠，让身体各器官得到良好的休息。坚持适度的运动，如每周进行至少150分钟的中等强度有氧运动，像快走、慢跑等，运动能增强身体免疫力，有助于抵抗可能引发咽部病变的因素。
避免接触致病因素方面
注意职业防护： 如果工作环境中存在较多的粉尘、化学物质等有害因素，比如在一些工厂从事接触粉尘工作的人员，要做好职业防护，佩戴合适的口罩等防护用具，减少有害因素对咽部的接触和刺激。避免病毒感染： 尽量避免与咽部乳头状瘤患者过于密切的接触，因为部分咽部乳头状瘤可能与人乳头瘤病毒（HPV）感染有关，虽然不是所有咽部乳头状瘤都由HPV引起，但减少病毒接触风险有一定预防意义。比如在公共场合注意个人卫生，不共用牙刷、水杯等可能接触口腔的物品。