孩子长期半夜咳嗽一两声，可能与生理性因素或病理性因素有关。生理性因素主要是室温较低导致；病理性因素包括过敏性咳嗽、呼吸道感染、咳嗽变异性哮喘、胃食管反流等。
一、生理性因素：孩子长时间半夜睡觉时室温低，寒冷刺激可使局部气道痉挛，从而诱发半夜咳嗽一两声。需注意孩子睡眠环境，做好保暖工作，避免不良症状出现。
二、病理性因素：
1.过敏性咳嗽：多因孩子半夜在屋内受到尘螨等刺激引起，表现为长期半夜咳嗽一两声，还伴有流鼻涕、鼻塞、眼睛痒等症状。可遵医嘱使用地氯雷他定干混悬剂等药物进行抗过敏治疗。
2.呼吸道感染：孩子体内有慢性呼吸道感染，夜间迷走神经张力增高会刺激痰液分泌增多，引发刺激性咳嗽，呈现长期半夜咳嗽一两声。可遵医嘱进行吸入用盐酸氨溴索溶液等药物的雾化吸入治疗。
3.咳嗽变异性哮喘：孩子长时间存在哮喘，夜间神经兴奋性增强导致肌肉痉挛，引起长期半夜咳嗽一两声。家长应带孩子到医院就诊，完善肺功能检查，可遵医嘱给予吸入用布地奈德混悬液、硫酸沙丁胺醇雾化吸入溶液等药物治疗。
4.胃食管反流：在孩子中较常见，若孩子年龄小且胃部括约肌松弛，晚上进食过多，半夜睡觉时胃酸反流会刺激咽喉部黏膜，导致半夜咳嗽一两声。可采取少量多餐的方式，或遵医嘱选用多潘立酮片治疗。
总之，如果孩子出现这种情况且伴有不适，应及时带往医院进行相应治疗。