自然流产后还有早孕反应的原因主要有两点，一是自然流产不完全，二是自然流产后下次月经前又怀孕了。
一、女性在怀孕期间，尤其是怀孕40天后，会逐渐出现早孕反应，包括恶心、呕吐、头晕、乏力、乳房胀痛、尿频等。这主要是因为怀孕后滋养细胞分泌人绒毛膜促性腺激素（HCG），HCG进而引发了这些反应。
二、通常情况下，若自然流产完全，次日早孕反应就会明显减轻，而后逐渐完全消失。但要是自然流产不完全，子宫内仍残留部分胚胎，且存在有活性的滋养细胞，那么就可能继续分泌HCG，导致早孕反应不会那么快消失。还有一种情况是自然流产后，还没等到下次月经来潮，就又怀孕了，此时需要进行B超检查以明确是否有新的妊娠。
总之，自然流产后如果仍有早孕反应，需要考虑以上两种可能情况，应及时进行相关检查和诊断，以便采取正确的应对措施。