隐匿性阴茎的病因众多，主要包括先天性因素与后天性因素。
一、先天性因素主要体现在以下两方面：1.阴茎内膜发育异常，阴茎内膜通常具有良好的伸缩性，若小孩的阴茎内膜增厚、增粗，会致使纤维索带失去弹性，进而让阴茎的伸缩受到限制。2.阴茎内膜附着异常，当阴茎内膜附着于阴茎体前端或者阴茎颈时，阴茎外观会呈锥形，这主要是由于在怀孕早期使用了保胎药物，比如黄体酮、保胎中药等。此外，接触雌激素物质也可能引发这种情况。
二、后天性因素常见的有：1.包皮环切术后瘢痕性狭窄束缚阴茎，使其不能向前增长。2.肥胖也是比较常见的原因，肥胖儿童耻骨前的脂肪特别多，阴茎会隐匿于脂肪之下，从而导致阴茎外观短小。
总之，隐匿性阴茎的病因既有先天性的，也有后天性的，了解这些病因对于该病症的诊断和治疗都具有重要意义。