儿童咽炎的治疗药物需根据具体情况选择，一般可使用清热解毒类中成药，比如小儿咽扁颗粒，它能缓解儿童咽炎引起的咽喉肿痛等症状，通常儿童按体重等服用。
清热解毒类中成药：
小儿咽扁颗粒： 由金银花、射干、金果榄、桔梗等组成，有清热利咽、解毒止痛的作用，可用于小儿肺卫热盛所致的喉痹、乳蛾，缓解咽喉肿痛等症状。但糖尿病患儿禁服。蓝芩口服液： 主要成分有板蓝根、黄芩、栀子、黄柏、胖大海等，能清热解毒、利咽消肿，用于急性咽炎、肺胃实热证所致的咽痛、咽干、咽部灼热。不过服药期间忌辛辣、鱼腥食物，脾虚大便溏者慎用。
抗菌药物的使用：
如果是细菌感染引起的咽炎，可能会用到抗菌药物，比如青霉素类的阿莫西林等。但使用前需确定有细菌感染指征，且要注意儿童对青霉素类药物的过敏情况等。不过一般不轻易使用抗菌药物，需医生判断后谨慎选用。
局部用药：
含漱液： 对于较大儿童，可使用复方硼砂含漱液等含漱，能清洁口腔、杀菌消炎，但要注意含漱时不要吞服，且3岁以下儿童不建议使用含漱液，以免发生误吸等危险。含片： 像小儿清咽含片等，有清热解毒、消肿止痛的作用，可缓解咽部不适，但要注意避免儿童误吞含片导致窒息，需在成人监护下使用，且3岁以下儿童慎用。