支原体感染的咳嗽与普通咳嗽主要存在以下区别：一是病原体不同；二是病程持续时间不同；三是咳嗽性质不同；四是治疗方式不同。
一、病原体不同：
支原体是一种介于细菌和病毒之间的病原微生物。而普通咳嗽的引发，通常是病毒和细菌所致，此外，还有一部分是因气候干燥或者吸入了刺激性气体而引起。
二、病程持续时间不同：
支原体感染引发的干咳，病程往往较长，一般会持续2至4周左右。而普通咳嗽通常在一周左右就能够得到缓解。
三、咳嗽性质不同：
支原体感染导致的咳嗽，主要是由于感染引发炎症从而产生阵发性刺激性干咳，喉部常有痒感，同时可能伴有高热、头痛、恶心等症状，一般很少有痰液或痰液排出较为困难。而由病毒或细菌导致的普通咳嗽，大多会伴随有大量痰液产生，且相对容易咳出。
四、治疗用药不同：
对于支原体感染引起的咳嗽，可以使用阿奇霉素、红霉素等大环内酯类抗生素进行治疗，或者如左氧氟沙星等药物。针对普通咳嗽，一般的止咳药物通常就能控制症状，比如清热解毒的双黄连等，严重者可以采用雾化乙酰半胱氨酸来进行治疗。
总之，在无法明确咳嗽性质的情况下，一定要及时就医，按照医生的指导进行对症治疗。