胃复安可能会造成一些严重副作用。有研究表明，大约有一定比例的人使用胃复安后会出现不良反应。
神经系统方面的严重副作用
急性肌张力障碍： 多在用药后1~5天内出现，多见于儿童及青少年。表现为肌肉痉挛，常见的是颈部肌肉痉挛，导致患者头部向后仰或向一侧扭转等异常姿势。比如有些患者会突然出现斜颈，头部不能正常摆正位置。帕金森综合征样表现： 可在用药数天至数月后发生，表现为动作迟缓、肌肉强直、震颤等，类似帕金森病的症状。患者会出现走路缓慢、肢体僵硬，手部不自主震颤等情况。
内分泌系统相关严重副作用
高泌乳素血症： 胃复安会影响垂体泌乳素的分泌调节，长期使用可能导致血清泌乳素水平升高。女性可能出现月经紊乱、溢乳等症状，男性可能表现为乳房发育、性功能减退等。比如有的女性患者用药后出现月经周期紊乱，原本规律的月经变得不规律，或者出现乳头无故溢乳现象。
其他严重副作用
过敏反应： 少数人可能对胃复安过敏，出现严重的过敏症状，如呼吸困难、喉头水肿、休克等。一旦发生过敏，情况非常危急，需要立即进行抢救。例如有的患者用药后很快出现呼吸困难，面色发紫，需要马上采取急救措施来缓解症状。锥体外系反应（罕见但严重）： 除了急性肌张力障碍外，还可能出现迟发性运动障碍等更严重的锥体外系反应，表现为不自主的、有节律的刻板运动，如口面部不自主运动、肢体舞蹈样动作等，且一旦出现往往难以恢复，会严重影响患者的生活质量。