脚上病毒疣的治疗方法多样，但都存在一定复发可能，难以彻底根除。治疗需在医生指导下选择适合方案，如常用的物理治疗有二氧化碳激光、液氮冷冻等，外用药物治疗有5-氟尿嘧啶、平阳霉素、咪喹莫特乳膏等。
一、物理治疗：
1.二氧化碳激光：脚上病毒疣经二氧化碳激光治疗后，局部会结痂，此结痂一般两周左右脱落，脱落后需再次评估，可能需进行二次甚至三次治疗才有除根可能。
2.液氮冷冻：治疗后可能出现局部红肿、水疱甚至血疱，若出现水疱和血疱，需用无菌注射器排疱液以减轻压迫感和疼痛感。通过多次物理治疗可逐渐缓解症状，最终达到治愈目的。
二、外用药物治疗：
1.可遵医嘱使用咪喹莫特、5-氟尿嘧啶、平阳毒素等药物，这些药物具有抗病毒及调节局部防御能力的作用，且有一定腐蚀性，涂药时应涂在疣体表面并尽量保护周边正常皮肤。
2.也可在医生帮助下，使用平阳霉素和利多卡因混合后进行局部注射治疗。外用药物治疗周期比冷冻或二氧化碳激光长，多数需一个月甚至更长时间才可能除根，因为病毒疣是增殖性、感染性疾病，治疗周期长。
总之，在治疗脚上病毒疣过程中，患者一定要有耐心和信心，积极配合治疗，若发现复发需再次就医积极治疗。