胎记形成的原因目前尚未完全明确，不过一般认为主要与以下几方面因素有关。首先是遗传因素，有研究显示约10%的胎记可能与遗传有关，如果家族中有亲属有胎记，那么后代出现胎记的概率可能会相对高一些。
血管异常导致的胎记
鲜红斑痣：这是一种比较常见的血管性胎记，是由于胚胎发育过程中，特定部位的血管发育异常所引起。它表现为淡红色或暗红色的斑片，通常出生时就有，会随着年龄增长颜色逐渐加深、面积增大。草莓状血管瘤：多在出生后1 - 2个月内出现，是由大量增生的血管构成。其病因可能与血管形成因子和血管形成抑制因子之间的平衡失调有关，表现为高出皮肤表面的草莓样肿物，颜色鲜红。
色素异常引起的胎记
太田痣：一般认为是胚胎发育时，黑素细胞从神经嵴向表皮移行期间停留在真皮深处而引起。它多发生在面部，表现为蓝灰色、灰褐色的斑片。咖啡斑：病因可能与遗传有关，是一种较为常见的色素沉着性胎记，表现为界限清楚的圆形、卵圆形或不规则形的淡褐色至深褐色斑片，大小不一。
其他因素相关的胎记
蒙古斑：常见于东方人种新生儿，多发生在腰骶部、臀部等部位，是由于胚胎发育时黑素细胞停留在真皮深层所致，表现为蓝色、蓝灰色的斑片，通常在儿童期可自行消退。还有一些胎记可能与孕期的一些情况有关，比如孕妇在孕期接触某些不良因素，虽然具体机制尚不十分清晰，但有研究推测可能会对胎儿皮肤的发育产生影响从而导致胎记形成。不过目前对于胎记形成的确切原因还在不断研究中，不同类型的胎记其具体发病机制也存在差异。