贲门失弛缓症治疗方法有多种，不同方法各有问题。比如药物治疗，效果往往有限，难以从根本上解决贲门失弛缓症的病理机制问题。
内镜下治疗问题
内镜下治疗如内镜下球囊扩张术，可能存在穿孔风险，虽然概率较低，但一旦发生会带来严重后果。而且部分患者扩张后复发率较高，需要多次治疗。
手术治疗问题
手术治疗中的Heller肌层切开术，可能出现吞咽功能障碍加重的情况，术后有的患者会有反流性食管炎等并发症，影响生活质量。对于老年患者或合并基础疾病的患者，手术风险相对更高，术后恢复也可能较慢。
长期疗效问题
无论是哪种治疗方法，长期疗效都不是完全理想的。一些患者经过治疗后，随着时间推移，症状可能再次出现，需要不断调整治疗方案，给患者带来持续的困扰。
个体化差异问题
不同患者由于年龄、身体状况、病史等不同，对治疗方法的反应差异较大。比如年轻患者和老年患者对同一种治疗方法的耐受和预后可能不同，有基础心脏病等病史的患者在选择治疗方法时需要更加谨慎权衡利弊。