口腔溃疡的治疗药物需根据具体情况选择，一般来说局部用药较为常用。比如西瓜霜喷剂，它能起到消肿止痛的作用，大约使用后1 - 2天能看到一定效果。
局部外用药
西瓜霜喷剂：主要成分有西瓜霜、硼砂等，具有清热解毒、消肿止痛的功效，可直接喷于口腔溃疡表面，能缓解疼痛，促进溃疡愈合，一般使用后1 - 2天能感觉到疼痛减轻。冰硼散：由冰片、硼砂等组成，有清热解毒、消肿止痛的作用，将其吹敷于溃疡处，能改善口腔溃疡引起的疼痛等症状，但儿童使用时需谨慎，避免误吸。
促进愈合类药物
重组人表皮生长因子凝胶：能促进皮肤与黏膜创面组织修复过程中的DNA、RNA和羟脯氨酸的合成，加速创面肉芽组织的生成和上皮细胞的增殖，从而缩短创面的愈合时间。一般每天使用1 - 2次，均匀涂抹于溃疡表面即可。不过，对本品过敏者禁用。康复新液：可通利血脉，养阴生肌。内服时能用于瘀血阻滞，胃痛出血，胃、十二指肠溃疡；外用时能冲洗创面，促进肉芽组织生长。外用治疗口腔溃疡时，用医用纱布浸透药液后敷于患处，每次保持10 - 15分钟，每天可使用3 - 4次。
维生素类药物
维生素B2：如果口腔溃疡是由于缺乏维生素B2引起的，适当补充维生素B2可能有帮助。人体每天对维生素B2的需求量，成年男性约为1.4 - 1.8毫克，成年女性约为1.2 - 1.3毫克。可以通过多吃富含维生素B2的食物，如奶类、蛋类、动物肝脏、绿叶蔬菜等，也可以在医生指导下服用维生素B2片，但长期大量服用可能会有不良反应，需遵医嘱使用。
针对病因的药物
如果口腔溃疡是由细菌感染引起的，可能需要使用抗生素类药物，但一般不首选口服抗生素，而是局部使用含漱液，如氯己定含漱液，它能抑制口腔内细菌生长，每次含漱10 - 30秒，每天2 - 3次，可有效减少口腔内细菌，促进口腔溃疡愈合。如果是由病毒感染引起的口腔溃疡，一般需要使用抗病毒药物，但目前针对口腔溃疡的抗病毒药物相对有限，主要还是以对症治疗为主。