口腔扁平苔藓的原因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。一般认为免疫因素是重要方面，约40% - 50%的患者存在细胞免疫功能异常；遗传因素也有影响，有研究发现部分患者有家族遗传倾向；此外，感染因素也可能参与其中，比如病毒感染可能与口腔扁平苔藓的发生有一定关联。
免疫因素相关
自身免疫反应： 人体的免疫系统会错误地攻击自身组织，在口腔扁平苔藓中，免疫系统可能攻击口腔黏膜相关细胞，导致黏膜出现病变。比如部分患者体内会检测到自身抗体，这些抗体参与了免疫损伤过程。细胞免疫异常： T淋巴细胞等免疫细胞在口腔扁平苔藓病变部位有异常浸润，它们的异常活化和功能改变参与了疾病的发生发展，大约40% - 50%的患者存在细胞免疫功能异常情况。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 研究发现，口腔扁平苔藓具有一定的家族聚集性，如果家族中有亲属患有口腔扁平苔藓，那么其他家庭成员患病的风险可能会相对增加。不过具体的遗传方式还不十分明确，可能是多基因遗传等复杂机制导致。基因易感性： 某些基因的多态性可能使个体更容易患上口腔扁平苔藓。例如一些与免疫调节、细胞生长和凋亡相关的基因发生突变或表达异常时，会增加患口腔扁平苔藓的易感性，但目前对于具体相关基因的研究还在不断深入中。
感染因素相关
病毒感染： 有研究推测病毒感染可能是口腔扁平苔藓的诱因之一。比如EB病毒、丙型肝炎病毒等，可能通过影响人体的免疫功能或者直接作用于口腔黏膜细胞，引发口腔扁平苔藓。不过目前还需要更多的研究来明确不同病毒与口腔扁平苔藓的确切关系。细菌感染： 口腔内的一些细菌感染也可能与口腔扁平苔藓有关。例如口腔中的链球菌等细菌，它们在口腔内的定植和代谢产物可能会影响口腔黏膜的微环境，导致免疫失衡，从而诱发口腔扁平苔藓，但具体的作用机制还需进一步探索。