怀孕三个月左边小腹隐隐作痛主要与以下因素有关：子宫增大、先兆流产、附件区牵拉痛、胃肠道疾病。
一、子宫增大：孕妇怀孕3个月时出现的小腹隐隐作痛可能是子宫增大所致。这属于生理性疼痛。随着怀孕时间推移，胎儿逐渐长大，孕妇子宫会相应增大，而不断增大的子宫会持续压迫孕妇腹部，从而致使孕妇出现左边小腹隐隐作痛的感觉，此为正常生理现象。
二、先兆流产：若女性在怀孕初期有先兆流产情况，也会引发左边小腹轻微疼痛，这种疼痛多为坠痛，且往往伴随阴道出血症状。
三、附件区牵拉疼：怀孕后，随着子宫的长大，子宫周围的附件（输卵管、卵巢）和韧带会被动生长并受到牵拉，可能就会感到隐隐作痛。通常不伴有阴道出血。
四、胃肠道疾病：
1.肠痉挛：一些孕妇在孕早期误食变质食物或生冷刺激性食物，可能出现肠痉挛现象，从而导致肚子疼。
2.急性胃炎、胃肠炎：这些疾病也可能是导致怀孕初期肚子疼的原因之一。
总之，怀孕三个月左边小腹隐隐作痛可能是多种原因引起的，需要仔细分辨并根据具体情况进行相应处理。