鼻窦炎的治疗药物需根据病情类型等选择，一般来说，急性鼻窦炎常用抗生素等药物，部分患者规范用药可在数天至数周内缓解，比如细菌感染引起的急性鼻窦炎，使用合适抗生素后可能数天内症状减轻。
抗生素类药物
细菌感染引发的急性鼻窦炎： 常用青霉素类如阿莫西林等，这类药物能抑制细菌细胞壁合成来杀菌。不过对青霉素过敏者不能用。还有头孢菌素类，像头孢克洛，对多种细菌有抗菌作用，但也有过敏风险需留意。
鼻用糖皮质激素
减轻鼻腔炎症： 如布地奈德鼻喷雾剂，能减轻鼻黏膜炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状。一般成人使用时每天1 - 2次，每次每侧1喷，但儿童使用需在医生指导下，因为要考虑年龄等因素调整用量。糠酸莫米松鼻喷雾剂也可用于鼻窦炎治疗，同样要注意儿童等特殊人群的使用规范。
黏液促排剂
促进黏液排出： 桉柠蒎肠溶软胶囊就是这类药物，它能推动鼻腔和鼻窦内黏液排出，改善鼻窦通气。通常成人一次0.3克，一日3 - 4次，儿童则要按体重等调整剂量，一般是按每公斤体重给予相应剂量。
减充血剂
缓解鼻塞： 麻黄碱滴鼻液有收缩鼻黏膜血管、减轻鼻塞的作用，但不能长期使用，一般连续使用不超过7天，否则可能引起药物性鼻炎。赛洛唑啉鼻用喷雾剂也可短期缓解鼻塞，同样要注意使用时长和人群禁忌，比如高血压患者使用需谨慎。