新生儿眼底筛查一般情况下不会产生危害，但操作不当可能引发多种问题，具体如下：
一、眼睑损伤：
眼底筛查主要用于查看新生儿视网膜发育状况。检查时会用到扩眼器，若操作不规范，就可能导致眼睑受损。为避免这种情况，在检查过程中必须严格遵守操作规范，动作保持轻柔。
二、结膜炎：
新生儿出生后机体免疫力相对较低，而眼底检查属于侵入性操作。如果没有做好无菌操作，可能使结膜受到感染。可在医生指导下使用红霉素眼膏、注射用头孢唑林钠注射液等药物进行应对。
三、结膜出血：
进行眼底检查时通常需要进行表面麻醉，若在麻醉过程中操作不当，可能引起结膜出血。所以操作时应小心谨慎，并且在操作结束后要合理使用眼药水进行治疗，以防出现异常状况。
此外，还可能导致视网膜病变等情况，需选择合适的方法予以缓解。
总之，新生儿眼底筛查需谨慎操作，以减少不良情况的发生。