子宫内膜薄可能由多种原因引起。一般来说，内分泌失调是常见原因之一，比如雌激素水平偏低时，就可能导致子宫内膜薄，有研究显示约30% - 40%的子宫内膜薄患者存在雌激素水平异常的情况。
内分泌因素相关
雌激素水平不足： 雌激素对子宫内膜的生长起着关键作用，体内雌激素分泌过少，会使得子宫内膜无法正常增厚。像一些卵巢功能减退的女性，卵巢分泌雌激素的能力下降，就容易出现子宫内膜薄的状况。孕激素调节失衡： 孕激素能促使子宫内膜从增殖期转化为分泌期，如果孕激素分泌不足或作用异常，也会影响子宫内膜的正常厚度。例如黄体功能不全的女性，孕激素分泌量不够，会导致子宫内膜薄。
宫腔操作损伤导致
人工流产术后： 频繁的人工流产或者刮宫手术，容易损伤子宫内膜基底层。据统计，有过多次人工流产经历的女性中，约20% - 30%会出现不同程度的子宫内膜薄情况。因为手术过程中过度搔刮宫腔，会破坏子宫内膜的正常结构和功能。宫腔手术史： 除了人工流产，像子宫肌瘤剔除术、宫腔粘连分离术等宫腔手术，也可能损伤子宫内膜，影响其正常生长，导致子宫内膜变薄。
疾病影响方面
子宫内膜炎： 长期的子宫内膜炎会反复刺激子宫内膜，影响其正常的增殖和修复，进而导致子宫内膜薄。炎症会破坏子宫内膜的组织，使得内膜厚度难以达到正常标准。多囊卵巢综合征： 患有多囊卵巢综合征的女性，往往存在内分泌紊乱，雄激素水平偏高，这会抑制卵泡的发育和排卵，同时也会影响子宫内膜的生长，导致子宫内膜薄，这类患者中约有15% - 25%存在子宫内膜薄的问题。