孕12周流褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：孕12周时胎儿尚不稳定，剧烈运动、提重物、性生活等可能导致先兆流产，出现褐色分泌物。此外，胚胎发育异常、孕妇患有全身性疾病等也可能导致先兆流产。如果出现阵发性下腹痛或腰背疼痛，伴有阴道流血，应及时就医，医生一般会建议进行保胎治疗，常用的保胎药物有黄体酮胶囊、地屈孕酮片等。
2.宫颈息肉：宫颈息肉是慢性宫颈炎的一种表现，也可能导致阴道少量流血，色鲜红或暗红，或表现为褐色分泌物。通常需要手术摘除息肉。
3.前置胎盘：前置胎盘是导致孕晚期出血的主要原因之一，也是妊娠期的严重并发症。前置胎盘典型症状是在妊娠晚期或临产时，发生无诱因的无痛性反复阴道流血。初次出血量一般不多，剥离处血液凝固后，出血可暂时停止，偶尔亦有第一次出血量多的病例。
4.其他：胎盘早剥、妊娠期高血压疾病、泌尿系统感染等也可能导致孕12周流褐色分泌物。
如果出现褐色分泌物，建议及时就医，进行相关检查，如超声检查、血HCG+孕酮检查等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅，按时产检。