珍珠明目滴眼液正常使用时一般安全性较好，但少数人可能出现一些不适，比如个别人滴用后有眼部刺激感、过敏反应等。不过这种情况发生率较低。
眼部刺激相关危害
短暂眼部刺激：少数人滴用珍珠明目滴眼液后可能出现短暂的眼部刺痛感，一般很快就能缓解。通常是因为药物对眼部黏膜有轻微的刺激作用，可能是个体眼部黏膜敏感度不同导致。长期不当使用刺激：如果长期不合理使用珍珠明目滴眼液，可能会过度刺激眼部，破坏眼部正常的生理环境，影响眼表的稳态，比如长期频繁滴用可能使眼表的正常菌群失调等，但这种情况相对较少见，多是不规范用药导致。
过敏相关危害
轻度过敏表现：个别人可能对珍珠明目滴眼液中的某些成分过敏，出现眼部瘙痒、结膜充血等轻度过敏症状。一般停药后症状会逐渐消失，但如果不及时处理，可能会让不适持续更久。严重过敏风险：极少数人可能出现严重过敏反应，如眼睑肿胀明显、眼部水肿影响视力等，但这种情况极为罕见。一旦出现严重过敏，应立即停药并及时就医处理。
与其他药物相互作用风险
药物相互作用可能：如果同时使用其他眼部药物，珍珠明目滴眼液可能与某些药物发生相互作用。比如与一些抗菌眼药水同时使用时，不清楚具体的相互作用机制，但理论上可能影响药物的吸收或产生未知的不良反应。不过这种情况发生概率较低，一般在医生合理指导下联合用药时会尽量避免不良相互作用。
特殊人群使用风险
儿童使用风险：儿童的眼部发育尚不完善，使用珍珠明目滴眼液时需要格外谨慎。儿童使用不当可能会因为药物刺激等原因引起眼部不适，而且儿童对药物成分的耐受和反应与成人不同，所以儿童使用珍珠明目滴眼液必须在成人监护下，且要严格按照医生的建议使用，避免自行盲目使用带来潜在危害。孕妇及哺乳期女性风险：孕妇和哺乳期女性属于特殊人群，目前关于珍珠明目滴眼液在这部分人群中的安全性研究相对有限。一般不建议随意使用，除非在医生充分评估利弊后认为获益大于风险时才谨慎使用，因为药物可能通过眼部吸收等途径影响胎儿或婴儿，存在一定潜在风险。