怀孕三个月肚子隐隐作痛，可能是生理反应，也可能是病理现象，如先兆流产、阑尾炎等，需根据具体情况采取观察、用药、手术等措施。
一、生理反应。孕期子宫明显增大，会压迫盆腔组织，神经受刺激会出现轻微疼痛。且进入孕中期后，子宫会有轻微收缩，在活动或劳累时会感觉疼痛。这些都属于生理反应，通常多休息可自然缓解。
1.子宫增大压迫：怀孕后，随着胎儿的生长发育，子宫不断增大，对周围的盆腔组织产生压迫，导致神经受到刺激，从而引起隐隐作痛。
2.子宫收缩：到了孕中期，子宫会出现不规律的轻微收缩，特别是在活动较多或身体较为劳累时，这种收缩可能会更明显，引发肚子疼痛。
二、先兆流产。若疼痛较严重甚至伴有阴道出血，可能是先兆流产，要及时就医做B超等相关检查，确定后需用药保胎。
1.症状表现：疼痛程度较重，同时伴有阴道流血等症状。
2.治疗方法：遵医嘱应用黄体酮胶囊、地屈孕酮片、保胎丸等药物进行保胎治疗。
三、阑尾炎。阑尾发炎引起的腹痛，常表现为右下腹疼痛，有的还会发热。较轻者可用药保守治疗，严重者需手术切除阑尾。
1.症状表现：以右下腹疼痛为主，可能伴有发热等症状。
2.治疗方式：轻度可遵医嘱用头孢克肟片、阿莫西林胶囊等药物；严重则需进行手术。
此外，还可能存在其他原因如肠梗阻，需做胃肠减压改善症状。总之，怀孕三个月肚子隐痛要仔细分辨原因，以便采取正确的处理措施。