慢性结膜炎的治疗需要综合多方面因素，一般可通过药物治疗、避免刺激因素以及改善生活习惯等方法来综合处理。目前并没有绝对“最好”的单一治疗方法，而是要根据具体病情来选择合适的综合方案。
药物治疗选择
抗生素类药物：如果是细菌感染引起的慢性结膜炎，可使用抗生素滴眼液，如左氧氟沙星滴眼液等，这类药物能抑制细菌生长繁殖，控制炎症。一般来说，使用时需按照医生指导规律用药。非甾体抗炎药：对于炎症反应明显的慢性结膜炎，非甾体抗炎药如普拉洛芬滴眼液有一定作用，能减轻眼部炎症、红肿等症状。
避免刺激因素
远离过敏原：如果慢性结膜炎是过敏因素引起，要尽量远离过敏原，比如花粉、尘螨等。在花粉传播季节，尽量减少外出，室内可使用空气净化器等。避免不良环境刺激：要避免长时间处于烟雾、粉尘较多的环境中，这些环境因素容易加重慢性结膜炎的症状。比如在工作或生活中，应尽量改善工作环境，减少粉尘接触。
改善生活习惯
注意眼部卫生：要保持眼部清洁，勤洗手，不要用手频繁揉眼睛。一般建议用干净的毛巾或纸巾轻轻擦拭眼部分泌物。保证充足休息：合理安排作息时间，保证充足的睡眠，让眼睛得到充分休息，有助于眼部组织的修复，缓解慢性结膜炎的不适。通常每天应保证7 - 8小时的有效睡眠时间。