怀孕初期胚胎发育不好存在多方面原因，包括胚胎自身原因、孕妇自身原因以及男方原因等，可能是单一因素所致，也可能是多种因素共同影响。怀孕初期胚胎不稳定，较为危险。孕妇若有不适，应及时就医检查明确原因，并遵医嘱及时纠正。
一、胚胎自身原因：胚胎自身染色体异常时，会出现怀孕初期胚胎发育不好的状况，这时需进一步检查，必要时应考虑终止妊娠。
二、孕妇原因：
1.孕妇若感染细菌、病毒、寄生虫等病原微生物，或者患有内分泌系统疾病，如糖尿病、多囊卵巢综合征、高泌乳素血症等，都可能影响卵泡质量，进而导致怀孕初期胚胎发育不好。
2.孕期内孕妇饮食结构不合理致营养不良，或精神状态不佳、自行服用药物、接触放射线、使用质量差的洗护用品、受到外力刺激等，均有可能致使怀孕初期胚胎发育不好。
三、男方原因：男方精子质量差，如精子畸形率高、弱精等，也会影响精子质量，从而引起怀孕初期胚胎发育不好。
总之，怀孕初期胚胎发育不好的原因较为复杂，涉及胚胎、孕妇、男方等多方面，要明确具体原因以便采取合适的应对措施。