生化妊娠是指精卵结合后，没有成功在子宫着床的妊娠。造成生化妊娠的原因有多种，其中胚胎因素是常见原因之一，大约50% - 60%的生化妊娠是因为胚胎染色体异常导致的，比如染色体数目或结构异常，这种情况下胚胎质量不佳，难以正常着床发育。
母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对妊娠起着关键作用。例如，黄体功能不全时，黄体分泌的孕激素不足，子宫内膜不能很好地转化为适合受精卵着床的状态，从而影响受精卵着床，增加生化妊娠的发生风险。一般来说，黄体期孕激素水平低于正常范围时就可能存在问题。子宫因素： 子宫的形态和环境也很重要。子宫畸形，如纵隔子宫等，会影响宫腔内环境，不利于受精卵着床。另外，子宫内膜息肉、宫腔粘连等病变也会干扰受精卵着床，导致生化妊娠。比如子宫内膜息肉直径超过1cm时，对妊娠的影响就比较明显。
免疫因素：
自身免疫异常： 女性自身免疫系统出现异常时，可能会攻击胚胎，导致生化妊娠。例如，存在抗磷脂抗体综合征时，抗磷脂抗体可与血管内皮细胞等结合，影响胎盘血管的形成和功能，使胚胎血供不足，难以着床发育。
环境因素：
化学物质接触： 女性接触一些有毒的化学物质，如苯、甲醛等，可能会对卵子和精子的质量产生影响，进而影响受精卵的着床。长期处于含有这些化学物质的环境中，生化妊娠的可能性会增加。辐射影响： 过多接触放射性物质，如长期处于高辐射环境工作，会损伤生殖细胞，影响受精卵的正常发育和着床，增加生化妊娠发生的几率。