关键点：眨眼眼睛疼的原因可能是角膜炎、眼结石；角膜炎可使用抗生素药物治疗，如盐酸左氧氟沙星滴眼液等；眼结石需做裂隙灯显微镜下取睑板腺管结石治疗。
一、角膜炎：
角膜炎通常因细菌感染或邻近组织炎症累及等引起。其症状表现多样，包括眼痛，往往在眨眼时疼痛加剧；畏光，对光线较为敏感；流泪，眼部泪水分泌增多；视力下降以及出现较多的分泌物等。对于角膜炎的治疗，可在医生指导下选用盐酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等抗生素药物，以促进炎症消退，改善病情。
二、眼结石：
眼结石的具体发病原因还不太明确，可能与不良卫生习惯或长期处于风沙严重环境等有关。患者会有异物感、摩擦感，同时可能伴有结膜充血现象，从而导致眨眼时眼睛疼痛。此时需要及时前往医院，通过裂隙灯显微镜下取睑板腺管结石的方式进行治疗，将结石完全去除。
总结概况提示：眨眼眼睛疼可能是由多种疾病导致，文中重点介绍了角膜炎和眼结石这两种情况及其相应的治疗方法，患者日常应注意眼部卫生，治疗期间不宜戴隐形眼镜。