脑干梗塞是一种较为严重的脑血管疾病，发病后需及时治疗。一般来说，发病4.5小时内符合条件的患者可考虑静脉溶栓治疗，通过使用阿替普酶等溶栓药物，溶解堵塞血管的血栓，恢复脑血流。
急性期的一般治疗
维持生命体征： 要密切监测患者的呼吸、血压、心率等生命体征。如果患者出现呼吸不畅，可能需要进行吸氧，甚至必要时使用呼吸机辅助呼吸。对于血压的调控也很关键，若血压过高，可能需要使用降压药物来平稳血压，但用药需谨慎，要根据患者具体情况调整。控制颅内压： 脑干梗塞后往往会引起脑水肿，导致颅内压升高。可以使用甘露醇等脱水剂来降低颅内压，一般成人每次可静脉滴注125 - 250毫升20%的甘露醇，根据病情每4 - 6小时可重复使用。同时要注意监测患者的电解质情况，因为长期使用脱水剂可能会引起电解质紊乱。
药物治疗方面
抗血小板聚集药物： 如阿司匹林，一般建议在患者病情稳定后尽早使用，它可以抑制血小板的聚集，预防血栓进一步形成。但要注意，有胃肠道出血风险的患者使用时需谨慎，且要告知医生自身胃肠道情况。改善脑循环药物： 可以使用丁苯酞软胶囊等药物，它能够改善脑缺血区的微循环和脑血流，促进侧支循环的建立，从而改善患者的神经功能缺损症状。
康复治疗早期介入
康复评估： 在患者病情稳定后，一般发病1 - 2周左右，就可以开始进行康复评估。通过专业的神经功能评定等方法，了解患者的肢体运动、语言、吞咽等功能受损情况，为制定个性化的康复方案提供依据。康复训练： 对于有肢体运动障碍的患者，早期可进行床上良肢位摆放，预防关节挛缩和肌肉萎缩。比如帮助患者将患肢摆放成抗痉挛体位，上肢肩部稍抬高，肘关节伸展，腕关节背伸；下肢髋关节稍外展，膝关节微屈等。对于语言功能障碍的患者，可进行简单的发音训练，从单字发音开始，逐步过渡到短语、句子的练习。
并发症的预防与处理
肺部感染预防： 由于脑干梗塞患者可能会出现吞咽困难，容易发生误吸导致肺部感染。要注意保持患者呼吸道通畅，定时为患者翻身、拍背，促进痰液排出。如果患者需要鼻饲，要注意鼻饲的体位和速度，防止误吸。一旦发生肺部感染，要根据痰培养和药敏试验结果合理选用抗生素进行治疗。深静脉血栓预防： 脑干梗塞患者往往活动减少，容易发生深静脉血栓。可以使用气压治疗仪来预防，通过气压装置的交替充气和放气，促进下肢血液循环，减少深静脉血栓形成的风险。同时要观察患者下肢有无肿胀、疼痛等情况，若怀疑有深静脉血栓，需进一步进行相关检查明确诊断并及时处理。