停经35天后做B超检查，可能看到孕囊，也可能看不到，这取决于具体情况。
一、停经35天做阴道B超检查：通常情况下可以看到孕囊。但若孕妇排卵延迟或月经周期不规律，可能就看不到孕囊，此时建议一周后复查。而月经周期规律且正常时，不仅能看到孕囊，在见到孕囊后还能见到卵黄囊，可明确是宫内活胎。
二、首次怀孕且无特殊情况：怀孕35天后并非必须做彩超检查，因怀孕42天左右做彩超检查，多数能看到胚芽及胎宝宝心跳。但要注意，孕妇若此时阴道流血并伴有腹痛等症状，应及时就医，抽血化验HCG、孕酮和雌二醇水平，同时做彩超检查，综合判断胚胎质量状况。
三、HCG水平与孕囊的关系：怀孕35天若孕妇的HCG已明显升高到2000IU/mL以上，应能在宫腔内见到孕囊；若此时宫腔内没有孕囊且伴有腹痛等症状，要考虑是否为宫外孕，因宫外孕可能对孕妇生命造成危险，所以务必排查。
总之，停经35天后的B超检查结果受多种因素影响，要根据具体情况进行分析和判断，对于特殊情况要及时采取相应措施。