牙周炎治疗常用药物主要有抗生素类、硝基咪唑类等。一般来说，甲硝唑是常用的硝基咪唑类药物，能抑制厌氧菌生长，对牙周炎有一定治疗作用，但具体用药需根据病情由医生决定。
抗生素类药物
阿莫西林：属于广谱青霉素类抗生素，可抑制细菌细胞壁合成，从而发挥杀菌作用。对于一些由敏感菌引起的牙周炎有一定疗效。但要注意，对青霉素过敏者禁用阿莫西林。头孢菌素类：如头孢氨苄等，也具有抗菌作用，能针对牙周炎中的相关致病菌发挥消炎杀菌功效。使用前需确认患者没有头孢菌素类药物过敏史。
硝基咪唑类药物
甲硝唑：对厌氧菌有较强的杀灭作用，能有效缓解牙周炎引起的牙龈红肿、出血等症状。不过，服用甲硝唑期间不能饮酒，否则可能会引起双硫仑样反应，出现头痛、呕吐、心悸等不适症状。替硝唑：抗菌谱与甲硝唑相似，疗效与甲硝唑相当，但不良反应相对较少。同样，服用替硝唑时也需避免饮酒。
辅助药物
氯己定含漱液：这是一种局部使用的药物，能抑制牙菌斑形成，减少口腔中的细菌数量。一般建议牙周炎患者每天使用2 - 3次，每次含漱10 - 30秒，但长期使用可能会使牙齿和舌苔着色，不过停药后可逐渐消退。碘甘油：局部涂抹在牙龈沟内，有消炎、收敛的作用，可减轻牙周炎导致的牙龈炎症。在涂抹碘甘油时，要注意避免接触口腔黏膜的其他部位，以免引起不适。需要注意的是，药物治疗只是牙周炎综合治疗的一部分，还需要结合牙周基础治疗，如洗牙、龈下刮治等。而且不同患者的病情不同，用药也会有所差异，必须在医生的指导下合理用药，不能自行随意用药。同时，牙周炎患者在日常生活中要注意保持口腔清洁卫生，养成良好的刷牙习惯和使用牙线等口腔清洁工具的习惯。