手指疣主要是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的。人乳头瘤病毒有多种亚型，其中HPV - 2等亚型容易导致手指部位出现疣。一般来说，当皮肤有微小破损时，接触到HPV就有可能被感染从而形成手指疣。
病毒的传播途径
直接接触传播： 如果直接接触了已经感染HPV的人的手指部位，就有感染的风险。比如和长有手指疣的人握手等近距离接触，就可能让病毒传播到自己的手指上。间接接触传播： 接触被HPV污染的物品，像共用毛巾、指甲刀等，也可能感染HPV进而形成手指疣。比如在公共浴室使用了被污染的毛巾，就增加了感染的几率。
自身因素易感性
皮肤破损人群： 当手指皮肤有擦伤、刺伤等破损情况时，皮肤的屏障功能被破坏，HPV更容易侵入并在局部增殖，从而形成手指疣。例如经常从事手工劳动，手指容易出现小伤口的人，相对更易长手指疣。免疫力较低者： 免疫力较差的人，身体对抗HPV的能力较弱，感染HPV后更难依靠自身免疫力清除病毒，也就更容易形成手指疣。比如长期患有慢性疾病、处于疲劳状态或者正在接受免疫抑制治疗的人。
环境因素影响
潮湿环境： 手指经常处于潮湿的环境中，比如长时间洗手后没有擦干，这样的环境有利于HPV的存活和感染。在一些潮湿的工作场所，如水产加工车间等，工作人员手指长疣的概率可能相对较高。公共场所暴露： 在人群密集的公共场所，如游泳池、公共卫生间等，接触HPV的机会增多，增加了手指感染HPV长疣的可能性。因为这些地方人员流动大，HPV容易在环境中传播。