注射流感疫苗后出现高烧39℃且反复的情况，这多数是药物不良反应，也可能是上呼吸道感染所导致。对此通常需及时前往医院就诊，依据具体病因，在医生指导下进行治疗。
一、药物不良反应：
1.个体体质差异：每个人的体质不尽相同，体质较为虚弱者，可能会引发机体对流感疫苗产生较强的免疫反应，促使机体生成抗体，从而导致反复发烧、高烧39℃，部分人群还可能伴有恶心呕吐症状。
2.疫苗制作因素：也有可能是由于药物制作过程中混入了致热物质。此时，有必要前往正规医院进行血常规检查，根据检查结果，在医生指导下可服用解热镇痛药，如对乙酰氨基酚等进行治疗。同时可配合物理降温，比如用温水擦拭额头、颈部、腋窝等部位，这都有利于机体散热。
二、感染：
注射疫苗后，身体免疫力可能会出现一过性下降。如果在这个阶段前往了疫区，或者着凉等，就有可能引发一些感染性疾病，比如上呼吸道感染，这种情况可能恰好就在注射流感疫苗后出现。多数是由于自身抵抗力低下所引起，通常伴有反复发烧、咳嗽等症状，还有可能出现鼻塞、全身乏力等情况。每个人病情程度不同，因此出现的症状也会有所差异。若高烧39℃且反复发烧，通常需要在医生指导下，服用阿司匹林等退热药物进行治疗，也可以服用布洛芬缓释胶囊进行改善，这些都能够起到降热的作用。
总之，注射流感疫苗后出现高烧反复的情况，要重视并及时就医，明确具体原因后采取合适的治疗措施。