治疗霉菌性龟头炎关键在于外用抗真菌药物与隔离霉菌来源相结合，必要时性伴侣需同时治疗。具体如下：
一、使用2%碳酸氢钠溶液清洗：用其浸洗包皮和阴茎头。因为霉菌性龟头炎主要病原菌是霉菌，常见的如白色念珠菌。对此，可先用碳酸氢钠溶液清洗，然后涂抹派瑞松软膏或酮康唑软膏来治疗。
1.派瑞松软膏：具有抗真菌等作用。
2.酮康唑软膏：能有效抑制真菌。
二、高锰酸钾稀释液：采用1:5000的高锰酸钾稀释液，将包皮龟头放入一次性杯子泡洗，每日早晚各1次，每次泡洗5分钟，有治疗效果。
三、涂抹克霉唑软膏：这是咪唑类抗真菌药物，主要成分是克霉唑，对皮肤癣菌、念珠菌等有良好的杀灭作用。
四、口服氟康唑片：有较好的抗真菌功效，对念珠菌、毛癣菌属、表皮癣菌属及新型隐球菌等有一定抗菌作用。在治疗期间要避免性生活以防交叉感染，同时要注意清淡饮食，不喝酒，不吃辛辣刺激生冷性食物，以免加重病情。对于经常复发霉菌性龟头炎且有包皮过长的患者，最好进行包皮环切术，经治疗后一般不易复发。一些龟头炎病因虽不太明确，但包皮过长、包皮垢刺激常与龟头炎发生有关，所以男性应做好个人卫生，经常清洗下身，保持局部清洁，避免刺激。
总之，治疗霉菌性龟头炎要综合使用多种方法，注重日常护理，必要时可采取手术措施。