甲减的治疗主要通过服药补充甲状腺素，常用药物为口服左旋甲状腺素，用药与否需根据甲功三项尤其是促甲状腺激素（TSH）情况来决定。
一、当促甲状腺激素（TSH）≧7.5miu/mL时，应立即补充甲状腺素。普通成人若TSH≧7.5miu/mL就需要用药补充甲状腺素，不然可能对身体逐渐产生显著危害。而在孕期，对TSH的要求通常更低。
二、当促甲状腺激素（TSH）介于4.5～7.5miu/mL时，需根据年龄与症状评估是否给药。
1.对于70岁以上的老年人，若检查出甲状腺功能有轻微不足，一般不建议立刻补充甲状腺素，因为这很可能是正常老化过程，有时补充了病人未必能获得确切好处。
2.对于年纪较轻且甲状腺功能轻微不足的病人，可以考虑用药补充甲状腺素，但会给予病人一段时间考虑，每3个月回诊抽血进行追踪2～3次，大约3～5成的病人会在1年后恢复正常，这是因为免疫具有起伏性，有时免疫高峰期过去，甲状腺会恢复正常运作。但如果一直未能恢复，就可以考虑用药治疗。
总之，甲减治疗中要根据具体的TSH水平以及患者的年龄等情况来合理决定是否用药以及用药时机。